1.精神分析理論（較無根據）：
幼兒期未受良好照顧，與父母教養態度有關，若介入時期予以關懷，幼兒期有改善，但青春期又會出現種種毛病。
2.遺傳（間接關係）：
1978年發現2%家族中出現2個自閉兒。Colman發現一個家族中有一個自閉兒，其他親屬中有自閉兒者約有8%。
3.新陳代謝：
血液中之輕色氨含量過高所致。若改變基因，改變血液中輕色氨含量，預估自閉兒治療在10年之內有重大的突破。10%的自閉兒有腹瀉情形（青春期後更加劇烈）因無法承受五穀中之麩黃而造成脂便。
4.病毒：
a.先天性風疹。
b.德國麻疹–1970 Desmoud發現64個中有8個自閉兒。
c.節結性腦硬化：出生因不明病因造成腦部打結硬化，造成中樞神經系異常前 庭異常、頂業、前葉新陳代謝微弱、腦幹之感覺統合異常。
5.損傷：
a.生產過程胎兒過熱或過熟（預產期超過15天以上，胎兒過大）。
b.黃膽過高。
c.生產過程中腦部功能受損。
d.胎兒吸到胎便。
e.缺氧。
6.X染色體異常：
X染色體之長臂染色體脆弱高達40%或斷裂。X隱性染色體所致自閉兒之家族95%有此現象。但無充分之證據佐證。
7.腦部內啡分泌異常：
腦內啡分泌過多。事實上它有麻醉作用，分泌過多會造成自傷行為。 自閉症腦波可能會異常，典型自閉兒不一定會出現腦波異常，如果腦部傷害不是很大，腦部傷害程度沒有達到20-30%，腦波檢查不出的。尤其人體之腦波是24小時波動的，所以腦波檢測並非絕對精確。 或許造成自閉症的成因可能性過多，所以目前為止，尚無法瞭解真正之謎。現今真正能掌握的僅有20%。